En effet, le problème de la fonte des semis est particulièrement important lors de la culture en serre. Je vais dans un premier temps te donner des infos générales sur le sujet et ensuite te donner quelques suggestions.
Il existe deux formes de fonte des semis. Soit que les plantules pourrissent avant de sortir du sol ou après. Celà n'a peu d'importance ici, car la cause est la même.
Comme tu le dis, la fonte des semis est, dans la plupart des cas, causée par un microorganisme du genre Pythium qui appartient à l'embranchement des Oomycètes. Ces microorganismes sont très particuliers dans le sens que leur classification est incertaine. Ils appartiennent au règne des protistes (organisme unicellulaire avec un noyau; comme pour les animaux, plantes et champignons). Ils possèdent cependant certaines caractéristiques cellulaires des algues et prennent parfois une organisation similaire aux champignons. Néanmoins, si tu souhaites chercher de la littérature sur eux, cherche pour le groupe des hétérokontées. Ces microorganismes sont souvent reponsables de problèmes pour la culture des plantes comme le mildiou et la fonte des semis. Ils se retrouvent à peu près partout dans le sol et sont très abondants.
Les oomycètes ont deux modes de reproduction, soit un mode sexué et un mode asexué (sans q'il y ait de sexualité). Ainsi, pour se reproduire asexuellement, ils produisent des zoospores (des spores mobilent qui se déplacent avec des flagelles...un peu comme des spermatozoides). Ceux-ci nécessitent un milieu humide pour se déplacer, sinon, ils germent sur place. Une trop grande humidité du sol favorise donc la propagation du problème. Toutefois, cette forme de reproduction se limite plutôt au sol et à l'eau (peu...mais pas impossible...de dispersion par l'air). Selon le mode de reproduction sexué, des ''individus'' produisent des gamètes femelles immobiles et mâle mobiles (un peu comme pour les animaux
). Lors de la fécondation il y a formation d'un oospore très résistant et qui ne se déplace pas de lui-même. Il peut cependant être entraîné par l'eau ou le brassage du sol. Cet oospore est une forme de résistance permettant de survivre à plusieurs stress. Il est donc difficille de stériliser le sol. Souvent, tous les organismes sont tués, mais pas les oospores, qui germeront lorsque les conditions seront favorables... La stérilisation est quelque chose de difficile à obtenir...c'est pour celà que nous parlons souvent de désinfectation, d'aseptisation ou de décontamination (ce qui exclus la mort des spores).
Donc, ce que tu dois retenir, c'est que: quelque soit le sol que tu utilises (même acheté), il y a très très probablement des oomycètes du genre Pythium ou de leurs oospores dedans. Ceux-ci se propagent par le sol humide (l'abondance de l'eau leur est essentielle) et possiblement dans l'eau. La stérilisation de l'eau peut se faire par distillation (récupération des vapeurs)...mais c'est un peu de trouble et l'eau obtenue sera pauvre en minéraux, ce qui n'est pas très bon pour les plantes. Cela provoquera un lessivage de tes sols par absorption des minéraux qu'ils contiennent.. La stérilisation de sol n'est pas évidente à cause des oospores...donc à moins que tu ne possèdes un autoclave chez toi...je ne te conseille pas cette avenue. Certaines techniques visant à décontaminer existent et peuvent aider (par exemple: chauffer la terre au four autour de 100c). Cependant attention, des oospore peuvent possiblement survivre et si des omycètes sont inoculés dans un sol décontaminé, ce sera pire. Il n'y aura pas de barrière (compétition), du moins beaucoup moins, pour freiner la prolifération des oomycètes.
Donc, tu dois t'attaquer à ce qui favorise la prolifération des oomycètes. Premièrement les semis en population dense favorisent grandement la prolifération des oomycètes, et par conséquent, favorisent la fonte des semis. Je te conseille donc de semer dispersé. Deuxièmement, l'humidité trop grande et particulièrement le manque d'aération pour assécher la surface du sol sont les principaux facteurs menant à la fonte du semis (ce problème survient donc principalement dans les serres et dans les maisons). Ta petite serre ne me paraît donc pas une très bonne idée. Par expérience, il y a une façon très simple et très efficace d'éviter le problème...tu n'as que semer dehors. En pot ou directement dans le sol, cela n'a pas d'importance...seulement de laisser les semis dehors et de ne pas les enfermer ou les protéger du vent ou de la pluie. L'efficacité est impressionnante. Par exemple, les choux sont extrêmenent sensibles à la fonte des semis. À l'intérieur, ils mourraient tous. La seule façon que j'avais pour les faire pousser étais de les semer dehors, Dans ce cas, il n'y avais pas ou presque de mortalité. Certains fongicides, comme le captane, peuvent s'attaquer aux oomycètes et peuvent donc aider à prévenir la fonte des semis. Enfin, certaines plantes sécrètent des substances nuisibles aux oomycètes. C'est apparamment le cas du blé. À ce qu'il paraît, une application de farine de blé sur le sol pourrait aider...mais je n'ai pas de confirmation scientiqfique de ça et je n'ai jamais tenté l'expérience.
L'important c'est de prévenir, car lorsqu'une plantule est affectée, il n'y a plus grand chose à faire. Dans ce cas, il est préférable de jeter les plantules affectées.